Citadela ponúka vzdelávací program založený na príncípoch katolíckeho klasického vzdelávania. Tým však nemáme na mysli „bežné“ vzdelávanie, ako ho poznáme na väčšine verejných slovenských škôl.  Ide o vzdelávanie,  v ktorom sa žiaci stretávajú s „klasikou“ – s dejinami, literatúrou, umením, latinčinou, ale aj gramatikou, matematikou a prírodnými vedami.

​

Organizačným princípom štúdia sú dejiny. Deti sa ponárajú do príbehu sveta cez štúdium dôležitých kníh, udalostí a umeleckých diel, ako za sebou nasledovali v základných dejinných epochách. 

​

V praxi to znamená, že už od prvej triedy sa deti učia o egyptských pyramídach, Rímskych cisároch, ale aj o stredovekých vynálezcoch, či novodobých výtvarných dielach.